劍橋大學研究學者消息
老安試譯
原文請到以下網頁
https://www.cam.ac.uk/…/covid-19-genetic-network-analysis-p…
COVID-19：遺傳網路的分析，提供了新冠肺炎流行病起源的“快照”
研究圖表顯示，COVID-19的“初始超新星”通過基因突變從中國和亞洲擴散到澳大利亞、歐洲和北美。 研究人員說他們的方法可以用於識別那些無源的傳染源。
動植物種類系統網路的分析，有可能幫助識別無源的COVID-19傳染源
彼得·福斯特
來自劍橋、英國和德國的研究人員利用遺傳基因網絡的技術重建了人類感染的COVID-19早期“進化路徑”——病毒從武漢傳播到歐洲和北美。
通過分析患者頭160個完整的病毒基因組，科學家們繪製了一些新冠狀病毒的原始傳播圖，這些新冠狀病毒通過變化，發展了不同的病毒譜系。
“這病毒有太多的快速突變，因而無法精確地利用家譜樹追蹤COVID-19。 遺傳學家說：“我們使用了一種數學網路演算法，同時將所有看似合理的家譜樹製作為可視圖表。 彼得·福爾斯博士是劍橋大學的主要作者。
“這些技術大多以通過DNA繪製史前人類種群的運動圖而聞名。 我們可以說這是第一次用這技術來追蹤冠狀病毒，例如COVID-19的感染途徑的 。“
該小組使用了2019年12月24日至2020年3月4日期間從世界各地取樣的病毒基因組數據。 這項研究揭示了跟COVID-19相同族群的三個不同的“變體”，把他們標籤‘A’，‘B’和‘C’。
在據稱曾在武漢居住的美國人中，被發現帶有“A”型的突變版本，在來自美國和澳大利亞的患者的身上被發現大量的A型病毒。
武漢的病毒主要類型是“B”型，在東亞各地的患者中普遍存在。 然而，這種變異在沒有進一步突變的情況下是不會遠超該地區——研究人員說，這意味著武漢的COVID-19“始發疫病”或是“抗病毒性”的源頭是在東亞以外。
‘C’變體是主要的歐洲類型，早期是從法國，義大利，瑞典和英國患者身上被發現的。 這是在研究中的中國大陸樣本中㝷找不到的，但在新加坡、香港和韓國却出現了。
這新的分析還表明， 首次將病毒引入義大利是在1月27日首次發現德國感染病毒隨後，而義大利的另一次早期病毒感染途徑是與“新加坡集群”有關。
重要的是，研究人員說，他們的遺傳網路技術準確地追蹤了既定的病毒的感染途徑：以及連接了已知病例的“病毒突變”和“病毒譜系.”之間的點。
因此，科學家們認為，這些“系統發育”方法可以應用於最新的冠狀病毒基因組測序，以幫助預測未來全球疾病傳播及激發點。
福爾斯，劍橋麥克唐納考古研究所的研究員，以及大學的繼續教育研究所院士
說：“動植物種類系統網路分析有可能幫助識別無源COVID-19傳染源，然後對其進行隔離，以遏制疾病在世界各地的進一步傳播。
上述研究結果，今天發表在《國家科學院院刊》上。 該研究中使用的軟體，以及1,000多個冠狀病毒基因組的甄點，可上網www.Fluxus-Technology.com免費獲得。
研究人員指出，跟變體‘A’最密切相關的病毒發現在蝙蝠和穿山甲，被描述為“病毒爆發的根源”。 類型‘B’的來源是經過兩個的突變的‘A’。 類型“C”反過來又是“B”的“女兒”。
研究人員說，“B”型變體定位在是東亞，可能是由“創發效應”造成的：以病毒來說，基因瓶頸式效應會在一群分離孤立感染群組中又產生一種新的病毒。
福斯特認為還有另一種解釋值得思量。 “武漢B型病毒可以在免疫或環境上適應大量東亞人口。 它可能需要本身變異以克服東亞以外的阻力。 在這個初始階段，我們似乎看到東亞的病毒突變率比其他地區要慢。
他補充說：“我們所詳述的病毒網路是一種流行病早期階段的快拍，在COVID-19的進化路徑被大量突變所掩蓋之前。 它就追星般捉著在異動中的超新星。”
自從今天的PNAS研究進行以來，研究小組已經將其分析擴展到1,001個病毒基因組群。 福斯特說，雖然還沒有被同行評審，但最新的研究表明，第一次COVID-19在人類中的感染及傳播。早在去年9月中旬至12月初發生了。
研究人員利用的動植物種類系統網路 - 可以以一個簡單的圖表中同時可展視數百棵進化樹譜——這方法於1979年在新西蘭首次使用，是由德國數學家在1990年代發展出來的。
這些技術引起了考古學家Colin Renfrew教授的注意，他也是新的PNAS研究的合著者。1998年，Renfrew教授在劍橋大學建立了第一個考古研究小組。
